Образована в 1984 г. по инициативе профессора А. Ф. Мурова – первого заведующего кафедрой. В первый состав кафедры вошли педагоги кафедры теории музыки и композиции композиторы А. Ф. Муров, Ю. Е. Ащепков, Г. Н. Иванов, Ю. И. Шибанов, Ю. П. Юкечев, С. Г. Тосин, А. В. Попов, Нгуен Лантуат.
Появление нового самостоятельного подразделения на теоретико-композиторском факультете – результат почти четвертьвекового периода обретения опыта в подготовке композиторов и сложившейся к этому времени в Новосибирске композиторской среды. Сам факт существования за Уралом единственной в то время кафедры композиции трудно переоценить: выпускники кафедры работают в вузах и средних учебных заведениях Сибири и Дальнего Востока, пополняют ряды не только Сибирской организации Союза композиторов России, но и региональных композиторских организаций всего Зауралья.
Работа кафедры осуществляется в различных направлениях. В 1992 году Ю.П. Юкечев сформировал класс компьютерной музыки, в течение ряда лет в колледже при Новосибирской консерватории работала «Музыкальная мастерская», Е. М. Изранова вела курс сочинения и импровизации для детей.
Кафедра проводит конкурсы композиторов (на лучшее камерно-вокальное сочинение к 200-летию со дня рождения М. И. Глинки; на лучшее вокальное произведение, связанное с военной тематикой, и т. д.), является организатором Открытого регионального конкурса по композиции и импровизации в Кузбассе (Новокузнецк, 2010, 2012, 2014), проводит Открытый региональный конкурс композиторов им. А. П. Новикова «Корни и листья» (2013, 2015).
Студенты-композиторы и педагоги принимают участие и завоевывают звания лауреатов и дипломантов на международных, всесоюзных, всероссийских конкурсах: Международный конкурс молодых композиторов (Москва, 1999); Международный конкурс композиторов им. А.Н. Скрябина (Москва, 2002); IV и VI международные конкурсы молодых композиторов им. C. С. Прокофьева (Санкт-Петербург, 2003, 2012); Международный конкурс молодых композиторов «Опус первый» (Москва, 2003); Международный конкурс молодых композиторов (Испания, 2005); Xконкурс молодых композиторов им. Есенина «Рябиновые грезы» (Москва, 2005); Всероссийский конкурс «Cello Век» (Москва, 2006–2007); Всероссийский конкурс композиторов им. А. П. Петрова (Санкт-Петербург, 2007); VIII Открытый всероссийский конкурс композиторов имени А. Шнитке (Саратов, 2010).